동구 동축사는 신라 진흥왕 때인 573년 왕의 명으로 창건됐다. 창건설화가 《삼국유사》에 전한다. 573년 3월 하곡현(河曲懸) 사포(絲浦)에 서역에서 온 큰 배가 닿았다. 이 배에는 인도의 아소카왕이 보낸 편지와 황금 3만푼, 황철 5만7,000근이 실려 있었다.
편지에는 아소카왕이 석가삼존불을 주조하려 했으나 뜻을 이루지 못하자, 황금과 황철을 배에 실어 인연 있는 국토에 가서 장륙존상이 되기를 기원한다는 내용이 적혀 있었다. 《삼국유사》에는 아쇼카왕의 기원을 담은 배는 1,300여 년간 16대국(大國)과 5백중국(中國), 7백소국(小國), 1만 부락을 거쳐 신라에 닿았다고 설명돼 있다.
배에는 장륙상의 모형 불상도 함께 실려 있었다. 이에 왕은 황금과 황철로 황룡사 장륙존상을 만들었으며, 모형 불상은 사포 동쪽 부근의 깨끗한 곳을 골라 절을 짓고 모셨다. 이 때 모형 불상을 모시기 위해 지은 절이 동축사라고 한다. 뒤에 모형 불상도 황룡사에 옮겨 모셨다고 전한다.
이를 통해 동축사는 축(竺)의 동쪽, 곧 인도의 동쪽에 있는 절이라는 의미를 지님을 알 수 있다. 934년(경순왕 8) 중창하고, 고려 정종(재위: 1035〜1046) 때 옥인(玉仁)이 중수했다. 이후의 연혁은 전하는 것이 없다. 1931년 완성(翫性)이 중수, 1975년 주지 도암(道庵)이 정주영(鄭周永) 등의 시주로 대대적인 중창을 했다.